Apesar de seu tamanho microscópico, os protozoários exercem grande importância ecológica e econômica. Eles participam de processos fundamentais na manutenção da vida e do equilíbrio dos ecossistemas.
No plâncton marinho e de água doce, os protozoários (especialmente os foraminíferos e radiolários) fazem parte da base das cadeias alimentares, servindo de alimento para pequenos invertebrados, peixes e outros animais aquáticos. Dessa forma, garantem o fluxo de energia e matéria em ambientes aquáticos, sustentando níveis tróficos mais elevados. Sem eles, muitos ecossistemas perderiam sua produtividade.
Outro papel importante é o de reguladores de populações bacterianas. Como predadores, os protozoários controlam o número de bactérias nos ecossistemas, evitando desequilíbrios que poderiam causar contaminações em larga escala. Essa função é tão significativa que algumas espécies são usadas em pesquisas de biotecnologia e tratamento de água, justamente pela capacidade de eliminar microrganismos em excesso.
Além disso, diversos protozoários são utilizados como bioindicadores ambientais. Sua presença (ou ausência) em lagos, rios e solos pode indicar o nível de poluição ou a qualidade da água. Por exemplo, em ambientes com altos índices de matéria orgânica, certos protozoários proliferam, revelando possíveis riscos à saúde humana.
Do ponto de vista geológico, alguns protozoários, como os foraminíferos, têm importância na formação de rochas calcárias e até na prospecção de petróleo, pois seus fósseis ajudam a identificar camadas sedimentares antigas. Esse é um exemplo de como seres microscópicos podem influenciar fenômenos em grande escala.
Portanto, os protozoários não são apenas agentes patogênicos: eles são fundamentais para a manutenção da biodiversidade, para a ciclagem de nutrientes, para o equilíbrio das cadeias alimentares e até para atividades humanas ligadas à ciência e à economia.