Dentro do Reino Fungi, existem quatro principais filos que categorizam os fungos:
Citridiomicetos
Organismos geralmente aquáticos e com flagelos em sua estrutura corporal. Diferente dos demais grupos, os quitridiomicetos ou apenas quitrídios, não apresentam quitina na sua parede celular, mas sim celulose e outros carboidratos.
São em sua maioria organismos filamentosos (pluricelulares), com hifas cenocíticas e com núcleos diplóides. Por apresentarem micolaminarina como estrutura de reserva energética e não glicogênio, integrantes desse grupo são muitas vezes confundidos com espécies de algas.
São saprófagos ou parasitas e se reproduzem por meio de zoósporos (estruturas especializadas que irão gerar um indivíduo idêntico ao organismo que gerou o zoósporo).
Spizellomyceto, um tipo de citrídio.
Zigomicetos
São fungos filamentosos cenocíticos que possuem como característica principal a formação de zigósporos (estruturas reprodutivas semelhantes a esporos).
São decompositores ou parasitas.
Antigamente, dentro do filo do zigomicetos estavam os fungos que formavam associação com raízes de vegetais formando as micorrizas, mas a classificação mais atual coloca esses fungos micorrízicos em um filo à parte chamado glomeromicetos, deixando o filo zigomicetos apenas para os fungos saprófagos e parasitas.
Entre os integrantes desse filo está o Rhizopus, popularmente conhecido como bolor do pão, que é o bolor responsável pelas manchas pretas na superfície de pães contaminados.
Rhizopus stolonifer, o bolor encontrado no pão.
Ascomicetos
Nesse filo estão presentes alguns fungos comestíveis e as leveduras que são utilizadas nos processos fermentativos industriais.
Esses organismos formam estruturas específicas na fase reprodutiva, chamadas de ascos, semelhantes a sacos contendo em seu interior os esporos, que são chamados de ascósporos.
Esses fungos podem ser saprófagos, parasitas ou ainda simbiontes, podendo se associar com algas azuis (cianobactérias) para formar os liquens.
Trichophyton rubrum.
Basidiomicetos
Organismos com hifas septadas que formam na fase de reprodução estruturas chamadas de basídios (semelhantes a bastões), contendo os esporos chamados de basidiósporos.
Dentro do filo dos basidiomicetos estão três classes, onde apenas uma classe é caracterizada pela formação de corpos de frutificação chamados popularmente como cogumelos. Um exemplo conhecido de um fungo pertencente desse filo é o champignon.
São fungos saprófagos, simbiontes e alguns ainda conseguem liberar toxinas venenosas e atrativas ocasionando a morte de pequenos animais que se aproximam para se alimentar. Esses animais são então digeridos pelas exoenzimas e são absorvidos pelo fungo como um predador.
Amanita muscaria, um cogumelo venenoso bem conhecido e que faz parte do filo dos basidiomicetos.