Outras características dessa classe de animais estão relacionadas com a digestão: os animais onívoros possuem uma diminuição no número de enzimas digestivas na boca, contando apenas com poucas enzimas que quebram carboidratos. As demais enzimas estão localizadas no estômago, onde ocorre a maior parte da digestão enzimática. Por isso, alguns onívoros optam por engolir o alimento inteiro, sem mastigar, principalmente quando se trata de pedaços pequenos de carne.
Além disso, possuem um sistema digestório menor, principalmente o intestino delgado, que é curto, e contam com uma grande variedade de microrganismos que compõem a microbiota intestinal desses animais. Essa microbiota diversificada auxilia na digestão de alimentos diversos, que é o hábito alimentar dos onívoros.
O pH estomacal é muito ácido (geralmente menor que 2), o que facilita ainda mais a digestão rápida dos alimentos ingeridos, e a urina tende a ser muito concentrada e de odor forte.
Em 1852, o Compêndio de Veterinária ou Medicina dos Animais Domésticos sintetizou outra característica vantajosa dos onívoros: a abstinência alimentar. Usando como exemplos cães e gatos, pesquisadores verificaram que esses animais conseguiam ficar de vinte a trinta dias sem se alimentar em casos extremos, enquanto para alguns herbívoros, como cavalos, esse número nunca ultrapassava oito dias. Portanto, os animais onívoros ainda conseguem ficar mais tempo sem comer que outras classes de animais.